Период 1645-1676 относится ко времени правления Алексей Михайловича В этот период складывается всероссийский рынок. Развивается мелкотоварное производство и денежное обращение, появляются мануфактуры Первые годы царствования Алексея Михайловича государством фактически управлял его воспитатель Морозов,который злоупотреблял своим положением.  С начала 1650-х молодой царь стал сам принимать значительное участие в государственном управлении. Он сам читал челобитные, писал их и редактировал важные указы, сам писал их и первым из русских царей стал собственноручно подписывать их, руководил внешнеполитическими переговорами со шведами, поляками, усилил контроль за деятельностью русских послов. 

При Алексее Михайловиче Боярская Дума перестала быть чисто сословным органом бояр-вотчинников и княжеской аристократии. Она пополнялась за счет приближенных царя, которые не относились к родовитому боярству. В полном составе дума собиралась редко, только для торжественных церемоний и приема полов. Роль Боярской Думы в системе государственного управления падала. Постепенно прекратился созыв Земских Соборов. Во второй половине 17 века их деятельность замирает.

При Алексее Михайловиче над всей приказной системой был поставлен особый приказ Тайных дел - через него царь "государство свое правит по своей воле". Значительные изменения произошли в армии при Михаиле Федоровиче. На смену поместной дворянской коннице и стрельцам пришли полки "иноземного строя". 

В 1649 г. принимается Соборное Уложение: оно завершило юридическое оформление крепостного права; изменило положение городского населения, которое закреплялось за своим посадом; население "белых слобод", принадлежавшее боярам и монастырям,и ранее не платившее налоги государству, приравнивалось к "черным слободам", то есть облагалось налогами в пользу государства.   

В 1652 г. Никон посвящен в патриархи, и с этого времени стал оказывать прямое влияние на ход государственных дел, претендуя на титул великий государь,который некогда носил патриарх Филарет.Никон провел церковную реформу. Причины проведения церковной реформы заключались в том,что к середине 17 века выяснилось,что в русских богослужебных книгах,которые переписывались из столетия в столетие, накопилось много описок, искажений, согласно утверждениям многих прихожан, обычай креститься 2 пальцами был ошибочный,греховный,искажение происходили и в церковных обрядах. Одновременное чтение молитв дьяком и священником наполняли церковь шумом, было невозможно что-либо разобрать. Вследствие этой реформы нормы церковной жизни были унифицированы; нормы церковной жизни приведены в соответствии с нормами греческой и других православных церквей; весь порядок богослужения был сведен к единому образу, богослужебные книги исправлены по греческим образцам; двоеперстие было заменено перекрестным троеперстием; был запрещен шатровый стиля в храмовой архитектуре.  

Преобразования Никона вызвали протест части духовенства, некоторых светских феодалов,  а также недовольство и волнения в народе. Произошел церковный раскол: противников Никона - старообрядцев возглавил Протопоп Аввакум. Он яростно спорил с Никоном и обличает его сторонников-никониан. Никон вмешивался в дела мирские:во время отъезда царя он возглавлял все правительственные дела, оскорблял бояр. Государь не смог дольше сносить патриаршие выходки,недовольство царя нараста